С 1 января 2009 года вступили в силу изменения в Налоговый кодекс РФ, касающиеся порядка возмещения НДС. Приказ Федеральной налоговой службы от 11 января 2009 г. N ММ-7-3/1 "О внесении изменений в приказ ФНС России от 18.04.2007 N ММ-3-03/239@ "Об утверждении форм документов, используемых налоговыми органами при реализации своих полномочий в отношениях, регулируемых законодательством о налогах и сборах" Зарегистрировано в Минюсте РФ 19 Января 2009 г. Регистрационный N 13109.
Как и ранее, налоговый орган будет проверять обоснованность суммы налога, заявленной к возмещению, в ходе камеральной налоговой проверки представленной декларации. Ранее по результатам проверки могло быть вынесено решение о возмещении (полностью или частично) суммы налога, заявленной к возмещению, или решение об отказе в возмещении суммы налога, заявленной к возмещению. Теперь налоговый орган вправе принять решение о возмещении полностью заявленной суммы налога; решение об отказе в возмещении полностью заявленной суммы налога; решение о возмещении частично суммы налога и решение об отказе в возмещении частично суммы налога, заявленной к возмещению. Соответствующим образом изменены формы указанных решений. Так, в резолютивной части решения о возмещении (полностью или частично) суммы налога на добавленную стоимость, заявленной к возмещению, не будет графы "Отказать в возмещении НДС", которая заполнялась в случае принятия налоговым органом решения о возмещении частично суммы НДС, заявленной к возмещению. В решении об отказе в возмещении сумм НДС нужно будет уточнять, частично или полностью не будет возмещаться заявленная суммы налога.